Мэргэжлийн хяналтын байгууллага нь төрийн ууган байгууллагуудын нэг бөгөөд үүсэл хөгжлийн хувьд Санхүүгийн хянан байцаах газар, Бактери судлалын төв, Мал эмнэлэгийн хяналтын алба, Ачаа тээврийн шалган бүртгэх товчоо, Барилгын байцаан шалгах газар, УХХЦ-ийн шалган байцаах анги, Ой агнуурын хэргийг байцаах газар, Радио харилцааг хянан шалгах улсын байнгын комисс, Хөдөлмөр цалин хөлсийг шалгах зааварлах тасаг,Цацрагийн хяналтын лаборатори,  Мал үржлийн хяналтын алба, Худалдааны байцаан шалгах газар, Боловсролын хянан байцаах хэлтэс зэрэг 1930-1986 онд байгуулагдан улс орны хэмжээнд идэвхтэй үйл ажиллагаа явуулж байсан хяналт шалгалтын байгууллагуудаас бүрдсэн юм.

Энэ нь Монгол улсын төвлөрсөн төлөвлөгөөт эдийн засгийн үеийн мэргэжлийн хяналтын байгууллагын анхны нэгжүүд байсан бөгөөд харин улс орон зах зээлийн эдийн засгийн харилцаанд шилжин эхэлсэн үеийн мэргэжлийн хяналтын байгууллагууд нь

• Санхүүгийн улсын хяналт шалгалтын газар
• Хөдөлмөр нийгмийн хамгааллын хяналтын улсын алба
• Боловсролын хяналтын улсын алба
• Эрүүл мэндийн хяналтын улсын алба
• Байгаль орчны хяналтын улсын алба
• Дэд бүтцийн хяналтын улсын алба
• Худалдаа, үйлдвэрлэл, үйлчилгээний хяналтын улсын алба
• Хүнсний аюулгүй байдал, хөдөө аж ахуйн хяналтын улсын алба
• Цацрагын хяналтын алба гэсэн бүтэцтэй байсан.

1995 онд Төрийн хяналт шалгалтын тухай хууль батлагдан гарч 1996 онд Засгийн газрын 264-р тогтоолын дагуу аймгийн Засаг даргын 225 тоот захирамж гарч аймгийн Мэрэгжлийн хяналтын албыг аймгийн Засаг даргын дэргэдэх агентлаг болгон өөрчлөн зохион байгуулжээ.
2003 оны 1-р сарын 2-ны өдрөөс УМХГ-ын шууд удирдлагын дор аймгийн МХГ болон өргөжиж  санхүүгийн хяналт шалгалтын алба, бусад байгууллагуудад ажиллаж байсан улсын байцаагчдыг төвлөрүүлэн нэгтгэж 30 байцаагчтайгаар ажиллах болсон.
УМХГ-ын бүтцэд ажиллаж байсан Махны хяналтын улсын байцаагчдыг 2004 онд, Боршоо боомтын хилийн МХА-ыг 2006 онд аймгийн МХГ-ын мэдэлд шилжүүлсэн байна.
Мэргэжлийн хяналтын газрын лаборатори 2011 оны оны 6 сарын 1-ээс  үйл ажиллагаагаа эхлүүлсэн бөгөөд 2012 онд Засгын газрын  175 дугаар тогтоолоор Стандартчилал, хэмжил зүйн газрын орон нутаг дахь Хүнс, эрүүлахуй, нян судлал, ургамлын үр, хорио цээрийн лабораториудыг аймгийн Мэргэжлийн хяналтын газрын харьяанд шилжүүлсэн.

Засгийн газрын 2014 оны 10 дугаар сарын 11-ний өдрийн  327-р тогтоолоор Төсвийн тухай хуулийн хэрэгжилтийг хангах, орон нутагт төсвийн эрхийг шилжүүлж байгаатай холбогдуулан улс, орон нутгийн төсөв, санхүүгийн сахилга батыг дээшлүүлэх, хариуцлагатай хяналтын тогтолцоог бүрдүүлэх зорилгоор Мэргэжлийн хяналтын газрын санхүүгийн хяналт чиг үүргийг аймгийн Санхүүгийн хяналт, аудитын албанд шилжүүлсэн. Одоо манай байгууллага МХЕГ-ын шууд удирдлага дор Эрүүл мэнд,  боловсрол, хүнсний хяналтын хэлтэс , Байгаль  орчин, дэд бүтэц хөдөлмөрийн хяналтын хэлтэс , Экспорт импорт хилийн хорио цээрийн хяналтын хэлтэс, Төрийн захиргаа  эрсдлийн удирдлагын хэлтэс, Сорилтын лаборатори гэсэн бүтэцтэй,  57 ажиллагсадтайгаар үйл ажиллагаагаа явуулж байна.

Эрүүл мэнд,  боловсрол, хүнсний хяналтын хэлтэс

• Эмчилгээ оношлогооны чанарын хяналт
• Эм био бэлдмэлийн чанарын хяналт
• Эрүүл ахуй халдвар судлалын хяналт
• Орчны эрүүл ахуйн хяналт
• Боловсрол, соёлын хяналт
• Хүнсний эрүүл ахуйн хяналт
• Хүнсний үйлдвэрлэл, худалдаа, үйлчилгээ хяналт
• Таримал ургамлын үр, ургамал хамгаалал, хорио цээрийн хяналт
• Мал эмнэлэгийн хяналт
• Мал аж ахуй ,үржлийн хяналт

Байгаль  орчин, дэд бүтэц хөдөлмөрийн хяналтын хэлтэс

    Байгаль орчны хяналт
    Геологи уул уурхайн хяналт
    Геодези зураг зүй, газрын харилцааны хяналт
    Барилгын техникийн хяналт
    Авто замын хяналт
    Эрчим хүчний хяналт
    Авто тээвэр, өргөх механизмын хяналт
    Хэмжил зүйн хяналт
    Харилцаа холбооны хяналт
    Хөдөлмөрийн хяналт
    Хөдөлмөрийн эрүүл ахуйн хяналт
    Нийгмийн хамгааллын хяналт
Экспорт импорт хилийн хорио цээрийн хяналтын хэлтэс,
    Хилийн эрүүл ахуй, халдвар хамгааллын хяналт
    Хилийн мал эмнэлэгийн хяналт
    Хилийн ургамал, хорио цээрийн хяналт
    Хилийн стандарт, чанарын хяналт
    Цөм цацрагын хяналт

Төрийн захиргаа эрсдэлийн удирдлагын хэлтэс
    Захиргаа,эрсдэлийн удирдлага
    Хууль эрх зүй , хүний нөөц
    Санхүү, аж ахуй

Сорилтын итгэмжлэгдсэн лаборатори
    Нян судлалын лаборатори
    Химийн лаборатори
    Хор судлалын лбаоратори
    Ургамал,үр, хорио цээрийн лаборатори